Les écosystèmes en bonne santé offrent un habitat aux espèces indigènes, retiennent les nutriments et stockent les eaux de crue. Les efforts entrepris pour protéger l’habitat essentiel dans le bassin du lac Champlain, notamment les zones riveraines et humides, portent sur l’amélioration de la connectivité de l’habitat et des points de passage de la faune , la réduction des ruissellements de nutriments vers les rivières et ruisseaux, l’appui de mesures de restauration pour les espèces menacées et la réduction des risques de nouvelles invasions d’espèces non indigènes.